Devenu régulier sous les 49 secondes, Bernard enchaîne les bons résultats dans les mois qui suivent. Lors d'une réunion à Canet-en-Roussillon, il abaisse une nouvelle fois son record de France, en réalisant 48 s 56. C'est lors des Championnats de France à Saint-Raphaël qu'Alain Bernard se révèle pleinement. Il y améliore de façon spectaculaire les records de France du 50 et du 100 mètres nage libre. Sur 50 mètres, il signe un temps de 21 s 76, soit la troisième meilleure performance mondiale de tous les temps, à seulement 12 centièmes du record du monde détenu par la légende russe Alexander Popov. Sur 100 mètres nage libre, il arrête le chrono à 48 s 12. Il devient alors le deuxième nageur le plus rapide de l'histoire sur la distance, à égalité avec le double champion du monde italien Filippo Magnini. Et se situe à moins de trois dixièmes du record du monde du double champion olympique néerlandais Pieter van den Hoogenband. Ces résultats impressionnants marquent un tournant. Quelques mois plus tôt, de telles performances lui auraient sans doute permis de décrocher un titre mondial. Il termine l'année d'une belle manière en se distinguant lors des championnats d'Europe en petit bassin de Debrecen. Il remporte son premier titre européen sur 100 mètres nage libre en battant le record des championnats en 46 s 39. Sans oublié qu'il repart également avec 4 autres médailles, une en argent et trois en bronzes.
Arrive 2008, une année olympique marquée par un changement majeur dans le monde de la natation : l'arrivée des combinaisons LZR Racer de Speedo. Elle a rapidement bouleversé le monde de la natation. Au total, en 2008, 105 records du monde ont été battus, dont 79 réalisés en portant la LZR Racer de Speedo. En mars, lors des Championnats d'Europe en grand bassin à Eindhoven, Alain Bernard confirme son nouveau statut. Il décroche le titre européen sur le 100 mètres nage libre, en pulvérisant le record du monde avec un temps de 47 s 60 en demi-finale, puis 47 s 50 en finale. Lors des mêmes championnats, Bernard bat le record du monde du 50 mètres nage libre en demi-finale le portant à 21 s 50, détrônant les 21 s 56 réalisés par l'Australien Eamon Sullivan quelques semaines plus tôt. Ce record cependant est à nouveau battu par Eamon Sullivan lors des championnats d'Australie avec un temps de 21 s 28. Le record d'Alain Bernard n'a donc tenu que quatre jours. Mais cela ne change rien, ces performances incroyables propulse le Français au rang de favori incontesté pour les Jeux Olympiques de Pékin quelques mois plus tard. Cette soudaine évolution attise les soupçons. Filippo Magnini ne mâche pas ses mots devant la presse, déclarant qu'"Alain Bernard a trouvé les bonnes vitamines". Mais ce dernier ne se laisse pas abattre et répond à toutes les accusations : "Je ne suis pas un tricheur. Je sais ce que je mange et ce que je bois, je travaille dur pour vivre ça. J'ai envie de bouffer tout le monde, je suis dans une bonne spirale".